Was kann man dagegen tun?
Es wäre sinnvoll, wenn die Rohdaten vor Ort verbleiben und nur die Analysen zentral gesteuert werden könnten. Man spricht hier vom Distributed Mesh Computing. Darüber hinaus wäre es gut, einen großen lokalen Speicher zu haben, auf dem die Daten abgelegt werden können und auf den viele Prozessoren direkt zugreifen könnten, ohne die Daten jeweils mühsam in den kleinen Arbeitsspeicher laden zu müssen. Diese Technologie nennt man Memory-Driven Computing. Auf beiden Gebieten ist HPE führend. Ziel unserer Kooperation ist es jetzt, die Möglichkeiten dieser beiden Verfahren für das DZNE nutzbar zu machen.
Wie weit sind Sie bisher und wie gut funktioniert das?
Wir stehen sicherlich noch ganz am Anfang. Zunächst wollen wir mit kleinen wohl-definierten Projekten aufzeigen, dass unsere Datenspeicherung, -verarbeitung und -analyse lokal am Standort Bonn mittels Memory-Driven Computing beschleunigt, einfacher und sicherer gemacht werden kann. In einem zweiten Schritt wollen wir dann die Technologie auch anderen Standorten des DZNE verfügbar machen und später dann mittels Distributed Mesh Computing zu einem einzigen DZNE-Datennetzwerk verknüpfen. Dies liegt aber noch ein wenig in der Zukunft.
Trotzdem haben wir bereits erste Erfolgserlebnisse zu verzeichnen. Einer meiner Mitarbeiter, Dr. Matthias Becker, hat gemeinsam mit Experten der Hewlett-Packard Labs in Palo Alto einen unserer wichtigsten Algorithmen zur Bestimmung von Transkriptomen mittels Memory-Driven Computing um das 100-fache beschleunigt, und das auch noch bei deutlich weniger Energieverbrauch. Das sind hervorragende Ergebnisse.
Gibt es andere Projekte die einen ähnlichen Ansatz verfolgen?
Bezogen auf die Kooperation des DZNE mit HPE zur Erforschung des Einsatzes von Memory-Driven Computing in der medizinischen Forschung, speziell in der Genomforschung, sind wir in der Tat weltweit die ersten. Darauf sind wir auch stolz. Das dies der richtige Weg ist, zeigt uns und HPE das große Interesse anderer Forschungseinrichtungen, ebenfalls Zugang zu dieser zukunftsweisenden Technologie zu bekommen.